Etudie à l'Académie de Genève puis devient précepteur dans une famille de la Saxe de 1850 à 1853. Enseignant de langues, journaliste, éditeur, traducteur de la Chancellerie fédérale, 1869-1879, puis secrétaire de la Compagnie de fer Jura-Simplon, 1873-1891, il est membre fondateur à Genève, en 1867, de la Ligue de la paix et de la liberté.

En 1891, il est choisi pour diriger le Bureau international de la paix (fondé en 1891), dont le siège est établi à Berne. Il accepte, à la condition de servir sans rétribution et uniquement par idéalisme. Organisateur né, il est en contact avec toutes les sociétés nationales de la paix et assure la poursuite de cette 1ère organisation de la paix non-gouvernementale jusqu'à sa mort.
Extrait de l'ntroduction de la brochure Rôle de la guerre et de la paix, Conférence d'Elie Ducommun donnée à Lausanne le 3 décembre 1898. "Un journaliste étranger me disait récemment : Vous devez, en Suisse, être unanimes à souhaiter que les guerres deviennent impossibles, et la propagande pour le mouvement pacifique doit être facile chez vous!" Nous voudrions qu'il en fût ainsi, mais tel n'est pas le cas, malheureusement, bien que nous possédions une armée de milices et fort peu d'officers de carrière. Nous rencontrons d'abord des sceptiques. Ils affectent volontiers de manquer de foi dans l'avenir et croient se montrer supérieurs en prédisant l'insuccès de tout effort fait dans un sens idéaliste. A leurs yeux, l'enthousiasme pour une grande cause est un emballement, et comme il y a plus de projets humanitaires qui échouent que de ceux qui réussissent dès l'abord, il les rejettent tous comme impratiques, irréalisables" Extrait de : "Rôle de la Guerre et de la Paix"